jQuery 1.6.1 , 1.6.2 , 1.6.3 , 1.6.4 のリリースノートを読んで、自分なりにまとめました。 といっても、1.6.2 と 1.6.4 はバグ修正がメインでした。 誤訳による勘違いなどもあると思われるので、 読まれる際はご注意を。（※ページをそのまま訳したわけではありません）
箇条書きにすると以下のような感じ：

• 1.6.0で失った.attr()の後方互換性の回復[1.6.1]
  • 何が変わったのか
  • 推奨される使用方法のまとめ
• XSS 攻撃ベクトルの対策[1.6.3]
• requestAnimationFrameの使用中止[1.6.3]

1.6.0で失った.attr()の後方互換性の回復[1.6.1]

1.6.0 で、DOM 属性への処理とDOM プロパティへの処理を .attr()と新規導入の.prop()に 分離しました。 そのため.attr()に後方互換性の問題が 発生したのですが、jQuery のコミュニティが混乱したようで、 1.6.1 で修正されたそうです。

1.5.2 から 1.6.1 に更新すれば属性まわりのコードを 変更しなくてもよいことになります。

1.6.0 より前のバージョンでは属性とプロパティを一つのメソッド （.attr()）で処理していて、バグがたくさんあって メンテナンスが大変だったそうです。そのためなのか分かりませんが、 1.6.0 で属性とプロパティとの間のあいまいさを無くすため、 .attr()と新規導入の.prop()に 処理を分離しました。そのため、1.6.0 より前のバージョンで 動いていた以下のようなコードが

// http://blog.jquery.com/2011/05/12/jquery-1-6-1-released/ での例です
$(":checkbox").attr("checked", true);
$("option").attr("selected", true);
$("input").attr("readonly", true);
$("input").attr("disabled", true);

if ( $(":checkbox").attr("checked") ) {
　　/* 何かする */
}

1.6.0 では正しく動かなくなりました。 1.6.1 では修正され正しく動きます。

動くなら、これからも.attr()だけ使えば良く、 .prop()はいらないんじゃ、という感じがしますが、 一応使い分けることを推奨しています。以下は .attr()と.prop()の 推奨される使い分けの解説です。

何が変わったのか

下のコードは、.prop()を使うことが推奨される .attr()の使用例です。

// http://blog.jquery.com/2011/05/12/jquery-1-6-1-released/ での例です
$(window).attr…
$(document).attr…
$(":checkbox").attr("checked", true);
$("option").attr("selected", true);

これらのコードは次のように.prop()を使うことが 推奨されます。

// http://blog.jquery.com/2011/05/12/jquery-1-6-1-released/ での例です
$(window).prop…
$(document).prop…
$(":checkbox").prop("checked", true);
$("option").prop("selected", true);

windowやdocumentは属性を 持たず、（locationやreadyStateの ような）プロパティを持ちます。そのため、 .prop()か、素の JavaScript で処理すべきです。 1.6.0 ではwindowやdocumentに .attr()を使えなかったのですが 1.6.1 では.prop()に処理を任せるようになったので ちゃんと動きます。でも.prop()が推奨されます。

checkedやselectedなどの boolean 型の属性は特殊な扱いを受けます。

<input type="checkbox" checked="checked">

boolean 型の属性はデフォルト値か初期値がページの読み込み時に 設定されるだけで、現在値を追跡しません。上の場合、 ページが読み込まれるとき、属性checkedは 初期値"checked"が設定されます。チェックボックスを クリックしても値は更新されません。boolean 型の属性は 初期値を保持するためだけにブラウザに使用されます。

一方、boolean 型の属性と同名のプロパティは初期値に その属性を反映した値を取り、以降、「現在」値を追跡します。 上の場合、チェックボックスをクリックすると値が更新されます。 1.6.0 では、

// http://blog.jquery.com/2011/05/12/jquery-1-6-1-released/ での例です
$(":checkbox").attr("checked", true);

のように属性checkedを設定しても、 初期値を設定したに過ぎず、 チェックボックスはチェックするには以下のように プロパティを設定しなければなりません。

// http://blog.jquery.com/2011/05/12/jquery-1-6-1-released/ での例です
$(":checkbox").get(0).checked = true;
// $(":checkbox:first").prop("checked", true); と同じ

1.6.0 がリリースされてすぐ、jQuery チームは、 ページを読み込むときにブラウザが使うだけの boolean 型の属性を設定できても特に役に立たない、 ということを理解したそうで、1.6.1 で boolean 型のプロパティを .attr()で設定・取得できるようになりました。
以下のboolean 型の属性／プロパティが.attr()で 動的に設定・取得できます。

autofocus, autoplay, async, checked, controls, defer, disabled,
hidden, loop, multiple, open, readonly, required, scoped, selected

上のリストの属性／プロパティは.attr()内部で フックされ、取得はプロパティ、設定は属性・プロパティに 行われます。

それでもなお boolean 型の属性／プロパティを設定する時は .prop()を使うことを推奨しています。 しかし、.prop()を使わなくても動くようになったので コードを変更しなければならない、ということはなくなりました。

以下は 取得・設定するときに推奨されるメソッドを示した 属性とプロパティのリストです。 これは推奨使用ですが、.attr()は 属性ならどの場面でも動くでしょう。 .attr()の列で、○も△も付いてない DOM 要素の プロパティがありますが、それらは.prop()でしか 正しく動かないことに注意してください。

Attribute/Property	.attr()	.prop()
accesskey	○
align	○
async	△	○
autofocus	△	○
checked	△	○
class	○
contenteditable	○
defaultValue		○
draggable	○
href	○
id	○
label	○
location *	△	○
multiple	△	○
nodeName		○
nodeType		○
readOnly	△	○
rel	○
selected	△	○
selectedIndex		○
src	○
style	○
tabindex	○
tagName		○
title	○
type	○
width **	○

* 例えば、window.location
** .width()で必要な場合

.attr()も.prop()も 値（value）を取得・設定するのに使うべきではありません。 .val()を代わりに使いましょう。 （1.6.0 より前にしていたように、 .attr("value", "samevalue")を使っても 動くでしょうが）

推奨される使用方法のまとめ

.prop()は boolean 型の属性／プロパティや、 （window.locationのような）html 内に存在しない プロパティに対して使うべきです。 他の属性（html 内で見られる属性）に対しては全て .attr()で操作できるし、操作し続けるべきです。

XSS 攻撃ベクトルの対策[1.6.3]

要素の選択にwindow.location.hashを 利用している場合（例えば$(location.hash)）、 ページにスクリプトを挿入される可能性があるという レポートが報告され、その対策が講じられました。

セレクタ文字列の先頭に"#"がある場合、 HTML タグを（そのため当然スクリプトも）含むことが できなくなりました。（例えば$("#<script>…")） 詳細は そのレポート をご覧下さい。

requestAnimationFrameの使用中止[1.6.3]

タブが非表示の時のrequestAnimationFrameの 振舞い方がおかしく、このAPIの使用を将来のバージョンまで 中止にしたそうです。 　jQuery のアニメ機能の実行方法には影響が無いようです。